1.      Fakultas

a.         Fakultas adalah unsur pelaksana akademik Universitas yang melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Universitas yang berada di bawah Rektor.

b.         Fakultas mempunyai tugas mengkoordinasikan dan melaksanakan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam satu atau seperangkat cabang ilmu pengetahuan, agama, sains dan teknologi dan/atau seni budaya tertentu.

c.         Fakultas dipimpin oleh seorang Dekan yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor.

d.        Dekan mempunyai tugas memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat serta membina tenaga kependidikan, mahasiswa, tenaga administrasi dan administrasi Fakultas.

e.         Dalam melaksanakan tugas, Dekan dibantu oleh 3 (tiga) Pembantu Dekan yang terdiri atas Pembantu Dekan Bidang Akademik (PD I), Pembantu Dekan Bidang Administrasi Umum (PD II), dan Pembantu Dekan Bidang Kemahasiswaan (PD III).

f.          Pembantu Dekan Bidang Akademik mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat.

g.         Pembantu Dekan Bidang Administrasi Umum mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan dan administrasi umum.

h.         Pembantu Dekan Bidang Kemahasiswaan mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin dan mengkoordinasikan pelaksanaan kegiatan pembinaan kemahasiswaan.

i.           Unit pelaksana akademik pada Fakultas adalah Jurusan/Program Studi yang dipimpin oleh Ketua Jurusan/Program Studi.

j.           Ketua Jurusan/Program Studi dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh seorang Sekretaris Jurusan/Program Studi.

k.         Ketua Jurusan/Program Studi mempunyai tugas memimpin pelaksanaan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam sebagian atau satu cabang ilmu pengetahuan, agama, sains dan teknologi, dan/atau seni tertentu.

l.           Sekretaris Jurusan/Program Studi mempunyai tugas melaksanakan urusan administrasi Jurusan/Program Studi.

2.      Program Pascasarjana

a.         Program Pascasarjana adalah unsur pelaksana akademik Universitas yang melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Universitas yang berada di bawah Rektor.

b.         Program Pascasarjana mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan Program Pascasarjana.

c.         Program Pascasarjana menyelenggarakan fungsi pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, pembinaan sivitas akademika dan kerja sama dengan Fakultas dan/atau lembaga-lembaga lain.

d.        Program Pascasarjana dipimpin oleh seorang Direktur yang bertanggungjawab langsung kepada Rektor.

e.         Direktur mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi perumusan kebijakan dan memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat serta membina tenaga kependidikan, mahasiswa, tenaga administrasi dan hubungan dengan lingkungannya di tingkat Program Pascasarjana.

f.          Dalam menjalankan tugas sehari-hari, Direktur dibantu oleh dua Asisten Direktur.

g.         Asisten Direktur bertanggungjawab langsung kepada Direktur.

3.    Lembaga Penelitian dan Pengembangan

a.    Lembaga Penelitian dan Pengembangan adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Universitas di bidang penelitian yang berada di bawah Rektor.

b.    Lembaga Penelitian dan Pengembangan mempunyai tugas melaksanakan, mengkoordinasikan, mengembangkan, memantau dan menilai pelaksanaan kegiatan penelitian dan bekerjasama dengan lembaga-lembaga lain.

c.    Dalam melaksanakan tugas tersebut, Lembaga Penelitian dan Pengembangan menyelenggarakan fungsi:

1)   Perumusan kebijakan di bidang penelitian.

2)   Pelaksanaan penelitian ilmu agama Islam, ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni yang bernafaskan Islam dimaksudkan untuk menunjang pengembangan konsepsi pembangunan nasional, wilayah dan/atau daerah.

3)   Pelaksanaan penelitian untuk pengembangan sistem pendidikan dan institusi Universitas.

4)   Pelaksanaan tugas administrasi lembaga penelitian.

5)   Pelaksanaan pengembangan pola dan konsepsi pembangunan nasional, wilayah dan/atau daerah berdasarkan nilai agama, ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni.

6)   Lembaga Penelitian dan Pengembangan dipimpin oleh Ketua yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor.

7)   Ketua Lembaga Penelitian dan Pengembangan mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi perumusan kebijakan dan memimpin penyelenggaraan penelitian, mengembangkan dan memantau serta menilai pelaksanaan penelitian yang diselenggarakan oleh Pusat Penelitian serta mengusahakan dan mengendalikan administrasi dan sumber daya  yang diperlukan.

8)   Ketua dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Sekretaris.

4.    Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat

a.    Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Universitas di bidang pengabdian kepada masyarakat yang berada di bawah Rektor.

b.    Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat mempunyai tugas menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat dan kerjasama dengan lembaga-lembaga lain.

c.    Dalam melaksanakan tugas tersebut, Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat menyelenggarakan fungsi:

1)        Perumusan kebijakan di bidang pengabdian kepada masyarakat.

2)        Pengamalan nilai agama, ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni.

3)        Peningkatan relevansi program Universitas sesuai kebutuhan masyarakat.

4)        Pelaksanaan pemberian bantuan kepada masyarakat dalam melaksanakan pembangunan.

5)        Pelaksanaan administrasi lembaga kepada masyarakat.

d.   Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat dipimpin oleh Ketua yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor.

e.    Ketua Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat mempunyai tugas mengkoordinasikan perumusan kebijakan dan memimpin penyelenggaraan pengabdian kepada masyarakat, mengembangkan, memantau dan menilai pelaksanaan penelitian yang diselenggarakan oleh Pusat Pengabdian kepada Masyarakat serta mengusahakan dan mengendalikan administrasi dan sumberdaya yang diperlukan.

f.     Ketua dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Sekretaris.

5.    Unit Pelaksana Teknis

a.    Pusat Studi Bahasa dan Ma'had

1)   Pusat Studi Bahasa dan Ma'had adalah Unit Pelaksana Teknis di bidang pengembangan bahasa, budaya, agama, dan pendidikan khusus untuk membangun kedewasaan spiritual, sosial, maupun intelektual para mahasiswa yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor.

2)   Pembinaan sehari-hari Pusat Studi Bahasa dan Ma'had dilakukan oleh Pembantu Rektor Bidang Akademik.

3)   Pusat Studi Bahasa dan Ma'had mempunyai tugas melaksanakan program pengembangan bahasa dan budaya serta membangun kedewasaan spiritual, sosial, maupun intelektual para mahasiswa di lingkungan Ma’had.

4)   Dalam melaksanakan tugasnya, Pusat Studi Bahasa dan Ma’had menyelenggarakan fungsi:

                                          a)         penyusunan rencana dan program pengembangan bahasa dan budaya;

                                          b)         penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran bahasa dan budaya;

                                          c)         penyelenggaraan pendidikan khusus untuk membangun kedewasaan spiritual, sosial, maupun intelectual para mahasiswa di lingkungan Ma’had.

b.    Pusat Komputer dan Sistem Informasi

1)   Pusat Komputer dan Sistem Informasi adalah Unit Pelaksana Teknis di bidang komputer dan sistem informasi, dipimpin oleh seorang kepala yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor.

2)   Pembinaan sehari-hari Pusat Komputer dan Sistem Informasi dilakukan oleh pembantu Rektor Bidang Akademik.

3)   Pusat Komputer dan Sistem Informasi mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sistem komputer dan pelayanan informasi.

4)   Dalam melaksanakan tugasnya, Pusat Komputer dan Sistem Informasi menyelenggarakan fungsi:

a)      pelaksanaan dan pelayanan operasionalisasi sistem informasi;

b)      pengembangan sistem dan program komputer; dan

c)      pelayanan informasi.

c.    Perpustakaan Universitas

1.    Perpustakaan Universitas adalah unit pelaksana teknis di bidang perpustakaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor dan pembinaannya dilakukan oleh Pembantu Rektor Bidang Akademik.

2.    Perpustakaan dipimpin oleh seorang kepala yang ditunjuk di antara pustakawan atau dosen yang memiliki keahlian di bidang perpustakaan.

3.    Perpustakaan mempunyai tugas melaksanakan pelayanan perpustakaan untuk keperluan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

4.    Dalam melaksanakan tugasnya, Perpustakaan Universitas menyelenggarakan fungsi:

a)        penyusunan dan perumusan konsep kebijakan dan perencanaan perpustakaan;

b)        pengembangaqn kepustakaan dan pustakawan;

c)        pengadaan, pelayanan, dan pemeliharaan bahan pustaka; dan

d)       pelaksanaan kerjasama antar perpustakaan perguruan tinggi dan/atau badan lain di dalam dan di luar negeri.

d.   Lembaga Penjaminan Mutu Universitas

1.    Lembaga Penjaminan Mutu Universitas adalah unit pelaksana teknis di bidang peningkatan dan jaminan mutu akademik Universitas.

2.    Lembaga Penjaminan Mutu Universitasdipimpin oleh seorang kepala yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor dan pembinaannya dilakukan oleh Pembantu Rektor Bidang Akademik.

3.    Kepala Lembaga Penjaminan Mutu Universitas  diangkat dan diberhentikan oleh Rektor.

4.    Lembaga Penjaminan Mutu Universitas mempunyai tugas mengembangkan kurikulum, mendesain proses belajar mengajar, meningkatkan kemampuan mengajar dosen, melakukan kajian tentang metode mengajar yang baru dan inovatif, dan kajian lain yang berkaitan dengan upaya peningkatan mutu akademik, serta melakukan evaluasi kegiatan, dan menyusun laporan kegiatan dalam rangka memberikan jaminan mutu lulusan Universitas.

5.    Struktur organisasi Lembaga Penjaminan Mutu Universitas ditetapkan oleh Rektor.

e.    Unit Bisnis

1.    Unit Bisnis adalah unit pelaksana teknis di bidang usaha universitas yang bertujuan menggali potensi-potensi pendanaan dari hasil usaha universitas.

2.    Unit bisnis dilingkungan universitas dikoordinasikan Holding Company yang dipimpin oleh kepala yang diangkat oleh dan bertanggungjawab kepada Rektor.

3.    Struktur organisasi dan uraian tugas unit bisnis ditetapkan dengan keputusan Rektor.

4.    Pembinaan secara teknis unit bisnis dilakukan oleh Pembantu Rektor Bidang Administrasi Umum.

6.    Unit Penunjang/Lembaga Non Struktural

a.       Lembaga nonstruktural merupakan bagian dari unsur penunjang, berupa lembaga atau badan organisasi, atau bentuk lainnya di luar organisasi dan tata kerja Universitas.

b.      Universitas dapat membentuk lembaga nonstruktural sesuai dengan kebutuhan.

c.       Penambahan jabatan di luar Keputusan Menteri Agama Nomor 389 Tahun 2004 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri (UIN) Malang hanya dapat dilakukan Universitas setelah mendapat persetujuan tertulis Direktur Jenderal.

d.      Direktur Jenderal dapat menutup lembaga nonstruktural yang dinilai tidak efektif atau tidak efisien.