Bangunan struktur keilmuan Universitas didasarkan pada universalitas ajaran Islam. Metafora yang digunakan adalah sebuah pohon yang kokoh, bercabang rindang, berdaun subur, dan berbuah lebat karena ditopang oleh akar yang kuat. Akar yang kuat tidak hanya berfungsi menyangga pokok pohon, tetapi juga menyerap kandungan tanah bagi pertumbuhan dan perkembangan pohon.

Akar pohon menggambarkan landasan keilmuan universitas. Ini mencakup: (1) Bahasa Arab dan Inggris, (2) Filsafat, (3) Ilmu-ilmu Alam, (4) Ilmu-ilmu Sosial, dan (5) Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan. Penguasaan landasan keilmuan ini menjadi modal dasar bagi mahasiswa untuk memahami keseluruhan aspek keilmuan Islam, yang digambarkan sebagai pokok pohon yang menjadi jati-diri mahasiswa universitas ini, yaitu: (1) Al-Qur’an dan as-Sunnah, (2) Sirah Nabawiyah, (3) Pemikiran Islam, dan (4) Wawasan Kemasyarakatan Islam.

Dahan dan ranting mewakili bidang-bidang keilmuan universitas ini yang senantiasa tumbuh dan berkembang, yaitu: (1) Tarbiyah, (2) Syariah, (3) Humaniora dan Budaya, (4) Psikologi, (5) Ekonomi, dan (6) Sains dan Teknologi. Bunga dan buah menggambarkan keluaran dan manfaat upaya pendidikan universitas ini, yaitu: keberimanan, kesalehan, dan keberilmuan.

Seperti keniscayaan bagi setiap pohon untuk memiliki akar dan pokok pohon yang kuat, maka merupakan kewajiban bagi setiap individu mahasiswa untuk menguasai landasan dan bidang keilmuan. Digambarkan sebagai dahan dan ranting, maka penguasaan bidang studi baik akademik maupun profesional, merupakan pilihan mandiri dari masing-masing mahasiswa.